Joensuun seurakuntien yhteisen kirkkovaltuuston puheenjohtajana jatkaa vuosina 2025–2026 Helena Hulmi Rantakylän seurakunnasta. Varapuheenjohtajana jatkaa Topi Linjama Joensuun seurakunnasta. Sekä Hulmi että Linjama saivat yksimielisen kannatuksen Joensuun ev.lut. seurakuntayhtymän yhteisen kirkkovaltuuston järjestäytymiskokouksessa 20. tammikuuta 2025.

Seurakuntayhtymän ylintä päätösvaltaa edustavassa yhteisessä kirkkovaltuustossa on 51 jäsentä, jotka seurakuntalaiset valitsivat edellisissä seurakuntavaaleissa vuonna 2022. Yhteinen kirkkovaltuusto kokoontuu 2–3 kertaa vuodessa.

Yhteinen kirkkovaltuusto nimesi myös yhteisen kirkkoneuvoston vuosiksi 2025–2026. Yhteisen kirkkoneuvoston varapuheenjohtajaksi valittiin Virva Tiitinen ja hänen henkilökohtaiseksi varajäsenekseen Marja-Leena Räsänen Pyhäselän seurakunnasta. 

Jäseniksi valittiin Iiris Lehto (varajäsen Anja Tanskanen) ja Markku Roth (varajäsen Jarkko Kemppi) Joensuun seurakunnasta, Pekka Auvinen (varajäsen Heikki Reijonen) ja Kaija Majoinen (varajäsen Mikko Nissinen) Pielisensuun seurakunnasta, Maija Törmänen (varajäsen Sanna Mutikainen) ja Petri Hämäläinen (varajäsen Petri Karvinen) Rantakylän seurakunnasta, Satu Nieminen (varajäsen Nooraliia Rautio) Pyhäselän seurakunnasta, Päivi Suo-Anttila (varajäsen Maiju Ahlholm) Enon seurakunnasta sekä Eino Sagulin (varajäsen Hannu Soikkeli) Vaara-Karjalan seurakunnasta.

Yhteisen kirkkoneuvoston puheenjohtajana jatkaa seuraavan kahden vuoden ajan Rantakylän seurakunnan kirkkoherra Ari Autio. Kuopion hiippakunta nimesi Aution tehtävään marraskuussa 2024. 

Yhteisessä kirkkoneuvostossa on yhdeksän jäsentä sekä puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja. Yhteinen kirkkoneuvosto kokoontuu 11 kertaa vuodessa ja sen tehtävänä on johtaa seurakuntayhtymän toimintaa, hallintoa ja taloutta. Yhteinen kirkkoneuvosto valmistelee yhteisen kirkkovaltuuston kokoukset ja panee toimeen sen päätökset.